片中2002年美国参议员劳勃凯利提出了《变种人注册法案》，此法案强迫所有变种人公开身份和能力，使这群活在黑暗中的族群不得不面临人类的歧视与欺凌。
《变种人注册法案》充满歧视。
历史上不乏剿灭同性恋者的残忍态度，如希特勒在第三帝国时期大肆捕捉同性恋者，将他们关押在集中营进行名为研究实为折磨的酷刑。《X战警》中，金钢狼被抓住进行变种人实验，万磁王童年时期父母被纳粹杀害，他自己也遭遇纳粹虐待，这些变种人的遭遇就宛如历史上这些性少数派所受到的待遇与歧视。
二、变种人的家庭悲剧、亲情危机
变种人面对的不只是社会压力和政府钳制下的边缘感、无安全感，最难过的是，连家人都对他们抱持着否定的态度。《X战警2》中，冰人的父母发现儿子是变种人的秘密，然而却对他无法包容与理解，冰人的母亲甚至问：你难道不能把自己当成正常人吗？哥哥后来上楼打电话报警，他的父亲更认为儿子生病了，先是送去给X教授无法改变，就索性把儿子变成武器，准备消灭所有变种人。
冰人吐出秘密，暗喻同志出柜。
这段冰人与父母之间的冲突，普遍被认为是同性恋者向家人出柜的隐喻，然而早期大部分的家长对同性恋儿女抱持恐惧、反对的心态，也透过《X战警》表露无遗。
三、变种人的自我认知
《X战警：最后战役》中，变种人天使躲到浴室，惊慌地用剪刀剪掉背上的翅膀时，被他的父亲发现。天使的父亲认为儿子的变种基因是疾病，后来便研究出解药劝他：用了这些药是对你好。但天使拒绝：不，这是对你好。就离开了对方。
天使曾想剪断翅膀，否定自己的存在。
类似这样的场景，几乎与同志对家庭成员出柜时的部分遭遇高度重合。变种人从对自己身分的抗拒，到接纳自己，知道自己是基因进化而非疾病，进而因此与家人产生歧见、冲突，对自我的认知有过混淆、痛苦、磨合，都和同志的心境不谋而合。
四、被迫或是自愿矫正
《X战警：最后战役》小淘气因为会吸收对方的能量，所以无法亲吻、触碰爱人，她自愿注射解药，只为了成为能够回到爱人怀抱的一般人；《X战警：第一战》中，野兽从小渴望普通，想要变成正常人，所以自制解药，结果反而激发变种人血清，导致皮肤变成蓝色。
