本次的故事舞台在邻近火之国与风之国国境处的森林里，在漩涡鸣人，奈良鹿丸和春野樱的一次任务中。3人接受了送迷路孩子的宠物返回村庄的任务，但是在那个时候，受到了迷之少男骑士率领的部队的袭击。在激烈的战斗后，只剩下七零八落的三人，漩涡鸣人与少男骑士展开了一场单独的战斗，最终与其一起滚下悬崖。而这时，在残留下来的奈良鹿丸和春野樱眼前，出现了巨大的移动要塞。为了把握事态的发展，奈良鹿丸与春野樱决定潜入要塞，在那里，他们目击了可怕的景象。
第三部火影忍者剧场版《三日月岛的动物骚动》于2006年8月5日公映，DVD版发售日期为2007年4月28日，日本国内票房达到7.8亿日元。这次的任务是守护三日月岛中“月之国”的王子。在遥远的南方海上的小岛“三日月岛”上的“月之国”是一个超级有钱的国家。
这次漩涡鸣人等年少的忍者们在旗木卡卡西老师的带领下接受了护送月之国王子返回三日月岛的任务。没想到这个看似简单的任务却让漩涡鸣人十分头疼。这位出生于超富小国的王子非常任性，喜欢大肆挥霍，因为看上了马戏团里的珍奇动物剑齿虎，就索性把整个马戏团都买了下来。一路上漩涡鸣人他们不得不一边照顾王子，一边看住一群根本不听话动物，每天都搞得焦头烂额。好不容易将总算王子带回了三日月岛，不料在那里等待着他们的却是三个拥有可怕忍术的神秘敌人。
11月10日，火影忍者迎来大结局，鸣人和佐助的终结谷之战结束，两人都断了一只手，鸣人回村，佐助则想周游世界，去赎罪，那么火影忍者大结局中鸣人和谁在一起了?鸣人是和雏田在一起了吗?鸣人和小樱最后结局呢?当然是雏田了，虽然鸣人从小喜欢的人是小樱，自始至终鸣人对小樱而言都只是一个重要的朋友而已，绝没有半点男女之情，在铁之国里，小樱向鸣人表白，那也是骗鸣人的，只是想让鸣人不要再追寻佐助了，小樱真正喜欢的人就只有佐助，就算在佐助要小樱杀了香磷的时候，小樱虽然拿着苦无要杀佐助，但内心依然不舍。
而雏田从小喜欢的人就是鸣人，并且愿意为了鸣人不断努力，在佩恩攻打木叶，其中一个佩恩弥彦用铁棒插入鸣人的手脚，限制鸣人的活动时，雏田挺身而出，保护鸣人并且向鸣人表白。而在第四次忍界大战中，辉夜的扦插之术要刺中鸣人的时候，雏田挡在了鸣人的前面，不过后来宁次又挡在雏田的前面而死，所以两人都是一起经历过生死的。鸣人也喜欢雏田的温柔善良，做饭也很好吃哦，鸣人、雏田、牙去抓五寸钉的时候，鸣人吃着雏田做的饭团，夸赞雏田会是一位好太太。所以雏田最终用自己的努力让鸣人爱上了她。
