在城堡中，柯南意外发现通往地下室的通道，在秘道中珠宝商乾被杀。而其他人在一个棺木中发现了第二个蛋，并明白了回忆之卵的真正含义。但专门狙击人右眼的神秘杀手“史考兵”也在人群之中。他再次行动，目标是小五郎和小兰，刺杀失败后凶手抢走了彩蛋，并想烧毁城堡。
柯南追赶凶手，在熊熊大火中，凶手露出了她的真面目。柯南在白鸟的帮助下逃出了火海。回家后小兰对柯南的真实身份再次起了疑问，正当柯南要说出真相时，新一出现了。这此时这个假的新一却是怪盗基德扮演的，等于说柯南欠了怪盗基德一个人情，避免了被小兰发现真实的他，其实就是新一。
《世纪末的魔术师》是制作得很好的一部，与前两部相比有了很大的提高。首先是制作，片中的场景几乎全是取材于实景，制作人员共拍摄了30000多张照片作为场景的设定。最主要的还是剧情，怪盗基德首次在剧场版中出现，与新一同样吃了药变小的灰原哀也在片中成为了柯南的帮手，登场人物是空前的多。
该片的悬念也制造的很好，加上小兰对柯南身份的怀疑，使得观众急切的想知道结果如何。该片的题目也有着特殊的含义，虽然片中说“世纪末的魔术师”指的是制作回忆之卵的喜一先生，但是基德在一开始就知道了事情的真相，而且基德的变装也是非常的完美，并且在最后，他变成了工藤新一帮柯南解了围，之后又像魔术师一样消失了，所以他才是真正的“世纪末的魔术师”。该片可以算做推理动画的颠峰之作。
