地理坐标为北纬39°30′～41°27′，东经79°39′～82°01′。姑墨坐落在多浪河畔，位于北纬40°10′，东经80°16′。
东北距自治区首府——乌鲁木齐市直线距离666千米，公路里程1 010千米。地处乌鲁木齐与喀什之间，扼南、北疆交通要道，为南疆重镇。
姑墨水资源丰富，阿克苏河由北向南流经市境西部，在市区西郊分成阿克苏新大河与阿克苏老大河两支。
新大河流经市境113千米，老大河流经市境104千米，两河在夹河子镇与和田河、叶尔羌河、喀什噶尔河汇流成塔里木河，横穿市境南部东去。
市境另一主要灌溉河流多浪河，自温宿县入境，上游汇集众多泉水，长年不冻，偏西穿过阿克苏市区南下，流经市境78千米，总计年径流量114亿立方米，水能理论蕴藏量6.64万千瓦。
还有储量为5亿立方米的地下水。姑墨自然降水稀少，但农作物不是待雨而种，主要依靠冰雪融化与山泉，水源较为丰富，为农业发展提供有利条件。
市境内的天然河、湖同人工引、排渠系、水库等组成密布的水网，滋养着广阔无限、郁郁葱葱的肥美农田和绿林。
