施一公教授在国内的科研屡有突破，近期主要聚焦剪接体。2015年，Science杂志背靠背发表他两篇重要论文，报道高分辨率的剪接体三维结构和剪接体对前体信使RNA执行剪接的工作机理，引起广泛关注。施一公在接受采访时介绍称：
我此前以通讯作者身份在《科学》、《自然》和《细胞》上发表的文章总共接近50篇，但我觉得这次的意义特别重大!施一公与颜宁的加入，的确大幅度提升了中国生物学界和清华大学在Science， Nature和Cell三大刊的论文发表数目。Web of Science 检索显示，回国后，施一公已发表9篇Science， 13篇Nature， 和6篇Cell，而颜宁则各有5，11，和4篇。谷歌学术显示，施一公论文总引用将近4万次，H因子接近100。
施一公在生命学院推动的人事改革和长聘教授制度，也大幅度提升了清华生命科学的实力和水平。此后，清华启动了全校范围的人事制度改动和长聘教授制度，并被部分高校效仿。
作为具有广泛影响力的学界公众人物，施一公教授对许多社会问题也直言不讳。他的博文《可怕的空气污染》，直面雾霾问题，单在知社有几十万人阅读，文末扩展阅读可见。
2015年3月11日，七位西湖大学倡议人正式向国家提交《关于试点创建新型民办研究性的大学的建议》并获得支持。2015年12月1日，浙江西湖高等研究院正式注册成立。2016年12月10日，在杭州举行成立大会并揭牌。2017年3月19日，浙江西湖高等研究院位于杭州市云栖小镇约10万平米的园区正式启用。
2017年9月2日首届19名浙江西湖高等研究院——复旦大学“跨学科联合培养攻读博士学位研究生”项目录取学生正式入学。
