从大昭寺正门而去是天井式院落是藏传佛教中"格西"(藏传佛教中的高级学位，相当于博士)的产生地。公元1409年，黄教开山鼻祖宗喀巴在大昭寺创立传昭大法会，并将之确立为藏传佛教界最大的法事活动，从此黄教声名鹊起.法会期间各大寺庙的僧人云集此院，观看被寺庙推选出的杰出僧人进行激烈的答辩。院落东侧有数排酥油灯，白天也总是长明不灭。由这里各个家庭的人负责加酥油。
相传建大昭寺时，几次均遭水淹。文成公主解释说，整个青藏高原是个仰卧的罗刹女。这个魔女呈人形，头朝东，腿朝西仰卧臂，大昭寺所在的湖泊原来正好是罗刹女的心脏，湖水乃其血液。所以文成公主说大昭寺必须填湖建寺，首先把魔女的心脏给镇住。然后文成公主还同时推荐了另外十二个小寺院在边远地区，镇住魔女的四肢和各个关节，共建了十三座寺院。
按照文成公主所选的位置，建寺首先要填湖。当时主要的运输工具是依靠山羊背着装着沙和土的袋子。就这样把这个湖泊给填平了，给大昭寺奠定了基础。其实拉萨这两个字就是从大昭寺演变而来的。最早拉萨不叫LASA，古文书上都是RASA(即"惹萨")，RA是山羊，SA是土地，意思是山羊建的地方。后来因为修建了这样神圣纳佛殿，里面供奉了佛祖的像，有佛经、佛塔，还有四面八方的信徒来这里朝圣，大家都认为这个地方是佛地，所以又改称拉萨--LA在藏语里是佛的意思，SA是地。
佛殿的主尊是一尊小而精致的弥勒佛像，过去每年传召大法会期间都要抬着这尊佛像沿八廓街转经游行。一文殊菩萨像和观音菩萨像分立于这尊佛像的左右两侧，而这两尊菩萨像旁又分别是一尊跏趺的度母像。
此外，墙边的四尊愤怒相的护法神是守护这座佛殿的。门的右边是多闻天王(四大天之一)，左边是财神詹巴拉。祭坛上是一尊跏趺的杰瓦布姆喇嘛像，他曾在拉萨修建了堰坝，从而使拉萨免遭洪灾的侵袭。进门时如果仔细看佛堂的左下角落，就会看到一只小的石山羊。这就是传说中的背土填卧塘湖的圣羊。
拉萨大昭寺主殿内供奉着一尊享有世界上最为罕见之尊荣的释迦牟尼佛像。世上只有三尊佛祖等身佛像。佛教创始人释迦牟尼在世时反对偶像崇拜，不立寺供像。在他临终时释迦牟尼只同意以自己三个不同年龄时的模样塑像，并亲自为塑像绘图。这三尊佛像中，以十二岁时释迦牟尼身为皇子的鎏金铜像最为精美与尊贵。该佛像后从古印度流入中国，又经唐代文成公主带入西藏，原供于小昭寺。小昭寺主供的释迦牟尼八岁铜像原供于大昭寺，也是这三尊珍贵佛像之一。在印度鹿野苑，有佛三十五岁成道时的像,那鎏金的色彩也闪烁着让人无法逼视的光芒。
